正常的微生物群，就像动物的器官一样，是人体的重要生理成分。在长期的历史演变过程中，正常的微生物群和动物宿主形成了一种称为微生态平衡的动态生理平衡。在正常健康条件下，动物在不同肠段中具有不同类型的细菌，并且细菌的类型和量以及细菌和细菌之间的比例相对稳定。

如果在外部环境的影响下，正常微生物群与正常微生物和动物宿主之间的生理平衡被破坏，则称为微生态失衡。最常见的是使用抗生素引起的细菌感染。

导致微生态紊乱的因素很多。对于动物本身，存在免疫功能效应，例如激素疗法，免疫抑制疗法，放射疗法等。对于微生物，主要使用抗生素。正常微生态生态平衡损害。抗生素的应用，在消除病原菌的同时，也消除了对动物体有益的生理细菌，破坏了肠道微生态平衡，以及菌群失调和双重感染。例如，在每日人体粪便中，高达5％的铜绿假单胞菌，但住院患者使用抗生素，其分离率高达40％，其结果很可能引起尿路感染或败血症。例如，对于长期接受土霉素治疗的患者，念珠菌的患病率可从32％增加到61％。这表明土霉素促进耐药念珠菌的增殖。一般来说，抗生素的抗菌谱越广泛，菌群失调和双重感染的频率越高。使用的抗生素越多，抗菌性越强。细菌耐药性是一个难以解决的大问题，不仅破坏了微生态平衡，而且构成了严重的公共卫生问题。因此，许多国家禁止或限制使用某些抗生素作为饲料添加剂，并提醒临床医生不要盲目使用抗生素。

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