砧木是嫁接幼苗的基础。适宜选择有利于接穗生长的砧木对嫁接苗的生长发育起着重要作用。

在同一属植物中，虽然种间嫁接有一定的亲和性，但亲和性程度不一样，所以嫁接率和成活率也不同。首先，应选择亲和力强的植物作为砧木，以确保繁殖成功。在相同亲和力的铁砧上，也应根据当地条件严格选择。

例如，嫁接梅花时，可以用杏、桃、李的幼苗进行嫁接，但成苗后的表现却大不相同。杏砧木或李砧木嫁接比桃砧木嫁接寿命长，但开花晚。桃嫁接抗湿性强，抗寒性弱，适合南方使用。山桃嫁接抗旱性强，相对耐寒，但不耐水湿。因此，它应该在北方使用。

多花蔷薇嫁接时以多花蔷薇为砧木的品种很多，多花蔷薇和多花蔷薇亲和性很强，但在杭州病害和抗寒性上表现不同。十姐妹嫁接比唐白玉巨人嫁接更有活力，但抗白粉病能力很弱。刺梨嫁接亲和力不如唐白玉，但抗寒性明显增强。

根茎的类型有时可以决定植物的高度。例如，当盆栽大桃子被种植时，为了使植物矮化并便于展示，矮化长寿桃或发现李应该被用作根茎。栽培盆栽苹果时，应选择林东茂矮化砧木使树矮化。

此外，砧木的选择除了与接穗亲和力强、对当地不利气候抵抗力强、对土壤适应性强的基本条件外，还应注意砧木的年龄、生长、繁殖难度和寿命，因为这些因素对嫁接成活率和嫁接苗质量有很大影响。为了培育优质壮苗，应选择繁殖容易、寿命长、生长旺盛的幼根进行嫁接。

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